五四运动期间，邵飘萍的多方活动引人注目，北洋军阀政府以“鼓吹社会革命”“扰乱京师治安”“侮辱政府”等为由查封《京报》、缉捕邵飘萍。迫于险恶局势，邵飘萍再度流亡日本。

　　经过五四运动洗礼的邵飘萍，在日期间潜心研究马克思主义和苏俄十月革命，思索改造社会的新路子，冲出各种思潮迷雾，接受科学社会主义，完成《综合研究各国社会思潮》和《新俄国之研究》两部专著，向国人介绍了马克思主义的基本观点和重大意义，指出研究社会主义应时时勿忘中国实情。此两部专著一经出版即销售一空，《新俄国之研究》后来被毛泽东同志所办的湖南自修大学列为教学参考书，也是毛泽东创办的文化书社里的畅销书。

　　1920年9月，在李大钊等人的全力协助下，《京报》得以复刊。是年，邵飘萍加入北大马克思学说研究会。加上与李大钊、罗章龙的交往，在思想上开始倾向于中国共产党。

　　1921年中国共产党成立后，邵飘萍义务相助“亢慕义斋”，校阅日文著作，主动配合创办《工人周刊》，设立劳动通信社。他还不怕风险，承印《非宗教论》一书，支持中共领导的非宗教运动。凡《京报》宣传有关中国共产党人的重大活动，或介绍马克思主义和苏俄的文章，邵飘萍都亲拟标题、安排版面。中国共产党中央机关刊物《向导》周报，每一期的详细目录都在《京报》以广告形式刊登，并配有热情洋溢的文字加以推介。邵飘萍主持下的《京报》及其各种附刊、副刊成为北方革命运动中心的一个重要阵地。