1998年四校合并以后，原来的教研室一分为二，一半到生命科学学院，一半留在环境与资源学院。原来的微生物实验室留在了生命科学学院，2002年搬到浙大紫金港校区，胡宝兰则留在浙大华家池校区。

　　为了带学生到紫金港校区做实验，胡宝兰每周至少奔波两趟，先是为实验准备跑一趟，做实验时又带着本科生跑一趟。当年从华家池到紫金港并不方便，坐班车需要一个小时左右时间，但胡宝兰坚信困难只是暂时的，一面欣欣然奔波往返于两个校区，一面积极筹建环资学院的实验室。其间，她还在职攻读博士，忙碌程度可想而知。

　　2004年，胡宝兰参与编写专著《新型生物脱氮理论与技术》，而孩子也在这个时候降临。2005年写博士论文时孩子才一岁多，她在半夜里喂饱孩子，抖擞精神开始写博士论文，常常从凌晨1点写到凌晨4点，第二天照样神采飞扬地给学生上课。长时间高负荷运转，她瘦到了80多斤。长期忙碌的工作节奏，导致胡宝兰的睡眠时间很少。对此，她爽朗地笑笑说：“习惯了，每天休息6个小时足够了。”

　　胡宝兰主要从事环境微生物学和环境生物技术方面的研究工作，研究方向包括微生物碳氮循环与微生物生态、新型废水除碳脱氮工艺研发、抗生素抗性基因、固废资源化与微生物菌剂研发。她主持了国家自然科学基金、国家重点研发课题、国家科技支撑计划、浙江省重点研发课题等20多项，承担了企业委托课题20余项；在国内外期刊上发表论文100多篇，其中SCI论文119篇，ESI高引论文5篇，H指数达40，总他引次数3000多次；参编著作和教材8本；授权国家专利50多项，其中发明专利27项。获省部以上奖项6项。